aspring

• aspring package
  • Submodules
  • aspring.main module
    • check_if_executable_exists()
    • get_arg_parser()
    • parse_args()
    • run()
    • run_pipeline()
  • aspring.step_01_preprocess module
    • get_arg_parser()
    • parse_args()
    • preprocess_msas()
    • run()
  • aspring.step_02_hmm_maker module
    • get_arg_parser()
    • hmm_maker()
    • parse_args()
    • run()
  • aspring.step_03_hmm_aligner module
    • get_arg_parser()
    • hmm_aligner()
    • parse_args()
    • run()
  • aspring.step_04_gettable module
    • dupraw2table()
    • get_arg_parser()
    • hhr2df()
    • parse_args()
    • read_fasta()
    • run()
  • aspring.step_05_filter module
    • filter()
    • get_arg_parser()
    • parse_args()
    • run()
  • aspring.step_06_stats module
    • get_arg_parser()
    • parse_args()
    • run()
    • run_r_script()
    • test_rscript_availability()
  • aspring.step_07_reformat module
    • get_arg_parser()
    • parse_args()
    • reformate()
    • run()
  • aspring.step_08_ASRUs module
    • ases_df()
    • codage()
    • event_to_pairs()
    • eventsDup_df()
    • extension_marge_pair()
    • extensionbis()
    • get_alnCols()
    • get_arg_parser()
    • parse_args()
    • run()
    • sexSize()
    • sim_graph_initial()
    • sim_graph_initial_bis()
    • sim_graph_workframe()
    • writecsv_ASRU()
  • aspring.step_09_clean module
    • get_arg_parser()
    • parse_args()
    • rm_tempfiles()
    • run()
  • aspring.step_10_struct module
    • download_alphafold_structure()
    • download_pdb_structures()
    • get_arg_parser()
    • get_asrus()
    • get_pdb_sequence_length()
    • get_pdb_span()
    • get_sexon_coord()
    • get_sexon_id()
    • get_transcript_sequence_length()
    • get_transcripts()
    • get_uniprot_id_from_filename()
    • get_uniprot_ids()
    • parse_args()
    • run()
    • write_pml()
  • Module contents